Итак у нас ОС Debian, и панель управления сервером ISPmanager 5 lite

Что нужно сделать?

В директорию - /etc/nginx/vhosts-includes/

Мы добавляем новый файл конфигурации - afterlogic.conf 

С следующим содержанием

# Panteon WS custom afterlogic config 19.04.2020

location /afterlogic/ {
alias /usr/local/mgr5/www/webmail-afterlogic/webmail/;
index index.php;
error_page 404 @apache;
}
location ~ ^/afterlogic/(.+\.php)$ {
alias /usr/local/mgr5/www/webmail-afterlogic/webmail/$1;
fastcgi_pass unix:/var/run/php-fpm.apache.sock;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $request_filename;
include fastcgi_params;
error_page 502 = @apache;
error_page 404 = @apache;
}

Все должно работать!